Aralık 2011’de Yusuf Ziya Özcan’ın görev süresinin sona ermesiyle Cumhurbaşkanı Gül tarafından YÖK Başkanlığı’na atanan Çetinsaya, aradan geçen zamanda YÖK’ün yapısını değiştirmede sarf ettiği gayretleri anlattı.
 
''CEMAAT MENSUBU MUSUNUZ?''
 
Ulusal bir TV’de  programa katılan YÖK başkanı Cetisaya’ya program sunucusu "Hocam bu soruyu sormamış olmak istemiyorum" diye söze başladı ve konuyu yargı ile emniyetteki "cemaatçi yapılanma" iddialarına getirerek açık açık sordu: ''Siz bir cemaat mensubu musunuz?''
 
"SORU AYIPLI"
 
Soru bitince gülümseyen Çetinsaya bir dönem Zaman Gazetesi'ne yazılar gönderdiğini kabul etti. Ancak bunun cemaatle ilgili olmadığının altını çizdi.”"Bu soruyu zul addediyorum. Kariyerim ortada, kişiliğim ortada. Bu soru öyle bir soru ki. Dindar mısınız gibi bir soru. Ayıplı bir soru."